Второе поколение Навигатора (2003–2006) де-факто основывалось на предыдущем. Оно сохранило от предшественника не только платформу Ford U, но и некоторую часть кузова, хотя многие наружные панели поменялись, как и салон. Зато инженеры поработали над шасси: машина получила новую заднюю многорычажку и новый рулевой механизм. Двигатель сначала был взят от предшественника — V8 5.4 с двумя распредвалами в головке блока. Он развивал три сотни «лошадок». В 2005 году его заменили на новый вариант «восьмёрки»: снова появился один распредвал в каждой головке блока, но теперь тут было по три клапана на цилиндр и система изменения фаз. Такой агрегат выдавал 300 л.с.
